Nyskolen i Oslo er en stiftelse. Det er dermed ingen som eier skolen, men skolen har et styre som påser at vedtektene blir fulgt og at skolens inntekter brukes som de skal.
Styret består av to foreldrerepresentanter (+ to vararepresentanter), to representanter fra de ansatte ved skolen (+ to vararepresentanter), og to representanter fra Forum Ny Skole (+ vararepresentanter).
Hvert år velges én ny representant på foreldremøtet i September, og vedkommende sitter i to år. Det velges også én ny representant fra de ansatte, som også sitter i to år. Forum Ny Skoles representanter sitter inntil noen etterspør nyvalg.
Vararepresentantene har stemmerett på styremøter dersom representanten ikke er til stede.